Итак. Вот развёртка моей идеи.
Короче говоря, тут происходит это:
1.1 - Выводится сообщение о начале ожидания для получения координат верхнего левого угла картины, а затем ожидается 5 секунд. По окончанию времени, с помощью функции `pyautogui.position()` получаются координаты верхнего левого угла картины и сохраняются в переменные `canvas_x` и `canvas_y`.
1.2 - Выводится сообщение о начале ожидания для получения координат места, где будет вставлен HEX-цвет, а затем ожидается 3 секунды. С помощью функции `pyautogui.position()` получаются координаты места, где будет вставлен HEX-цвет, и сохраняются в переменные `color_x` и `color_y`.
2 - Изображение загружается с помощью функции `Image.open()` из файла 'resources/picture.png', и его размеры сохраняются в переменные `width` и `height`.
3 - Определяется функция `change_pixel(x, y)`(которая перемещает курсор к указанным координатам и нажимает на пиксель) и определяется функция `change_color(color)`(которая перемещает курсор к указанным координатам, нажимает на hex-строку, выделяет его с помощью сочетания клавиш Ctrl + A, копирует у себя значение `color` в буфер обмена и затем вставляет новое значение с помощью сочетания клавиш Ctrl + V)
4 - Вложенными циклами `for` перебираются все пиксели изображения. Для каждого пикселя: (см. 4.1 - 4.3)
4.1 - Получается его цвет с помощью функции `image.getpixel((x, y))`.
4.2 - Цвет преобразуется в формат HEX с помощью операции форматирования строки.
4.3 - Выполняются действия для изменения пикселя: вызывается функция `change_color()` для установки цвета и функция `change_pixel()` для перемещения курсора на холст.
5 - Если все пискели по осям `x` и `y` нарисованны, то код завершается.
*P.S: Внесенное изменение в код добавляет отступ в 2 пикселя между пикселями по оси "x" и "y", что позволяет увеличить расстояние между пикселями. (выделил розовым)

Что сказать? "Мудрено?" - Кнш, да!, "Полезно ли?" - возможно, если использовать правильно.